①病毒病害的病原鉴定：病毒病害的病原用普通显微镜观察不到组织病变。目前在电子显微镜还不普及的情况下，多采用人工接种试验来验证。人工接种试验是用病株汁液磨擦接种、嫁接、昆虫传染等方法。同时还可以根据病毒的生物学特性，如传播方法、寄主范围、寄主反应、体外保毒期、稀释终点以及血清方法等来区别病毒的种类。有些植物病毒还可以采用指示物进行鉴定。

　　②细菌病害的病原鉴定：对细菌病害的病原鉴定，多采用“细菌溢”的方法。具体是切取小块病组织制片，放载玻片于显微镜下检查，如觉现有“细菌溢”从病组织(维管束)涌出，即可勿步确定为细菌病害。

　　如果鉴定细菌的种类，就可进行革兰氏染色，通过阳性和阴性反立来区别。此外还可以进行分离培养，获得较纯的培养菌种，然后通过伤口或白然孔(水孔、皮孔、气孔等)人工接种，来确定细菌的种类。

　　目前，对细菌病害病原的鉴定，较迅速准确的方法是采用血清反应。具体方法是取一定病原的细菌液少许放载玻片上，然后加入某种用生理盐水稀释过的“抗血清”，如果两者产生“凝集”即证明是某细菌病害的病原。例如鉴定马铃薯环腐病的病原菌时，可将已培养好的环腐病细菌液注射到兔子体内，然后抽取兔子血液，使沉淀后取上部的血清(即抗血清)，用生理盐水稀释后放载玻片上，与被怀疑为马铃薯环腐病的病原细菌掖混合，如产生“凝集”，即证明为环腐病病原。否则为非环腐病病原。

　　③真菌病害的病原鉴定：鉴定真菌病害，一般常用的方法是挑取病株组织上的菌丝或子实体制片，然后置显微镜下观察病菌的形态、特征、色泽、大小、结构等。其次是采用分离培养和接种试验。分离培养是切取小块病株组织经表面消毒和灭菌水洗后，移到一定的培养基平板上，在一定的恒温下培养，几天后观察菌落、菌丝体、无性抱子、有性抱子等形态、色泽。接种试验应根据真菌病害不同的侵染类型，将病菌抱子进行拌种、花器接种、土壤接种、涂抹接种或将抱子棍悬液进行喷雾接种。

　　④线虫病害的病原鉴定：植物受线虫为害后，多在受害部位产生虫廖或膨胀的形态变化，剖切虫瘦或膨胀部分用针挑取内部含有物制片，然后放显微镜下观察有否线虫及形态特征。有些线虫病并不引起植物形态变化，可采用漏斗分离法和叶片染色法进行检查，作出诊断结果。