江河底泥采样可在水文站水文断面同推移质、悬移质测验结合进行。取样点应中泓密，两侧疏。取样次数以能控制河道断面冲淤变化过程为原则，枯水期应多于平水期和洪水期。在进行水体污染调查时，为了全面了解水体污染状况及其变化，在污染源上游和远离污染源的河道分别设置对照断面、污染断面和净化断面。各断面上的采样点和采样次数取决于断面宽度和污染状况。小河或污染较轻的河道可以少些,大河和污染较重的河道则应多些,以能查清底泥的迁移状况和污染物积累变化过程为原则。

　　海洋底泥采样一般与海洋地质调查或海洋综合调查结合进行。采样点的布设随海洋调查的方式（路线采样，面积采样）而异。采样方法有表层采样、拖网采样和柱状采样。小比例尺基础调查主要用表层采样和柱状采样。

　　湖泊（或水库）的底泥采样，一般仿照海洋底泥采样方式。在进、出湖泊的水道上应设置控制断面进行采样。在废水进入湖泊的主要入口附近，须增加采样点和采样次数。